Voor de beste ervaring schakelt u JavaScript in en gebruikt u een moderne browser!
Switch to English

Sophie Blinker, studente dubbele master Biomedical Sciences en Geneeskunde, heeft onderzoek gedaan naar een specifiek eiwit in bacteriële spore om bij te dragen aan voedselveiligheid. Het wetenschappelijke magazine International Journal of Molecular Sciences besteedde aandacht aan haar onderzoek. De wetenschappelijke publicatie vermeldt Sophie Blinker als eerste auteur, wat zeer uitzonderlijk is voor een student. De FNWI sprak met haar.

Waar heb je onderzoek naar gedaan? 

‘Ik heb onderzoek gedaan naar B. subtilis sporen. Deze komen voor in ons voedsel en kunnen voor voedselbederf en ziekteoverdracht zorgen. Ze vormen een ‘jasje’ waardoor ze resistent zijn voor invloeden van buitenaf. Zo’n jasje bestaat uit eiwitten. Ik heb één specifiek eiwit onderzocht dat vermoedelijk het afbraakproces in gang kan zetten. Kennis hierover is belangrijk voor bijvoorbeeld fabrieken waar voedsel geproduceerd wordt.  

Ik heb onderzocht hoe ik de juiste eiwitten kon ‘aansporen’ om af te breken, zodat het afbraakproces van het jasje in gang werd gezet. Ik heb met behulp van simulaties onderzoek gedaan naar het gedrag van zo’n specifiek eiwit, dit is niet eerder gedaan.’

Hoe wordt een student eerste auteur? 

‘Gewoon door véél tijd te stoppen in een onderzoek en het vervolgens op te sturen naar een gerenommeerd wetenschapsmagazine!’ 

‘Nee, zonder gekheid, hier is een lang traject aan vooraf gegaan. Toen we alle simulaties hadden geanalyseerd, kwamen we tot de conclusie dat het interessante data was. Mijn onderzoeksbegeleider Stanley Brul vond dat we de resultaten wel konden insturen naar een journal. We kregen een positieve reactie van het International Journal of Molecular Sciences maar ze wilden nog wel heel veel extra informatie hebben, zoals nieuwe simulaties en nieuwe diepere analyses. We hebben toen in sneltreinvaart op een tweede supercomputer van de UvA extra simulaties gedaan. Die moesten allemaal geanalyseerd worden in héél korte tijd. Ook moesten we meer figuren aanleveren. De resultaten zijn echter niet veranderd na deze extra analyses. Dit was eigenlijk het pittigste stuk van het hele onderzoeksproces.’ 

‘Ik heb veel hulp en advies gekregen van Jocelyn Vreede (computational chemistry) en Stanley Brul, maar aangezien ik uiteindelijk het meeste werk verricht heb aan dit onderzoek, word ik als eerste auteur genoemd. Het is bijzonder omdat niet veel studenten tijdens hun studie al een dergelijk groot onderzoek afronden. Dat begrijp ik ook wel, ik ben al ongeveer 5 jaar met bezig bacteriële sporen.’ 

Sophie Blinker: student als eerste auteur wetenschappelijke publicatie
Sophie Blinker

Hoe ben je aan dit onderwerp gekomen? 

‘Ik heb altijd al interesse gehad in de werking van het microbioom. Tijdens mijn bachelor heb ik er een paper over geschreven. Daar zijn diverse projecten uit voortgevloeid tijdens mijn bachelorstage en de research honours die ik heb gevolgd. Na de stage vroeg Stanley of ik wilde modelleren. Dat is een model bouwen van een bepaalde moleculaire structuure en de werking ervan simuleren. Zo ben ik steeds verder in dit onderwerp gerold.’ 

Hoe heb je je onderzoek praktisch aangepakt? 

‘Na mijn bachelor heb ik tussenjaar gehad. Tijdens dat jaar heb ik geleerd om te programmeren want dat was nodig om te kunnen modelleren. Ik had 0,0 programmeerkennis maar het leek me wel een leuke uitdaging. Ook heb ik lesgegeven aan eerstejaars UvA-studenten en een half jaar lang vrijwillig onderzoek gedaan. Na een half jaar heb ik een paar maanden gereisd; de simulaties liepen en de modellen maakten berekeningen. Daarna ben ik de premaster geneeskunde gaan doen en gaan analyseren en schrijven. Ook heb ik een paar vakken van de master biomedisch gedaan daarna. Toen ik deze master afgerond had, heb ik geschreven aan het artikel voor m’n onderzoek. In totaal ben ik circa 2,5 jaar met dit onderzoek bezig geweest, in meer of mindere mate.’ 

Wat zie je jezelf later doen? 

‘Ik zie mezelf zowel als arts als onderzoeker. Infectieziekten vind ik erg interessant, of interne geneeskunde. Hoe dan ook wil ik in de academische wereld blijven.’ 

Heb je nog tips voor studenten die dit ook willen bereiken? 

‘Neem de tijd, neem dat tussenjaar! Je kunt dan nieuwe dingen leren, jezelf ontwikkelen. En de research honours heeft hier ook erg bij geholpen, hier heb ik goed onderzoek leren doen.’